Zgodnie ze Statutem UJ z 29 maja 2019 roku (dział IX, roz. 1, & 202) w Uniwersytecie Jagiellońskim – Collegium Medium obowiązuje nowy System Identyfikacji Wizualnej.

Jedynym obowiązującym znakiem UJ CM jest logo składające się z:

• dwupolowego herbu zwieńczonego złotą koroną – w polu niebieskim przedstawione są dwa skrzyżowane złote berła rektorskie, w polu czerwonym – złoty wąż Eskulapa owinięty wokół złotej laski (wąż Eskulapa, występujący również w herbie Szpitala Uniwersyteckiego, podkreśla związek tych instytucji);
• logotypu – nazwy uczelni w formie pełnej „Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum w Krakowie” lub skróconej „Uniwersytet Jagielloński – Collegium Medicum”.

Dwupolowy herb został wprowadzony w 2 połowie XIX wieku jako herb Wydziału Medycznego UJ, następnie był używany przez Akademię Medyczną w Krakowie oraz UJ CM do 2009 roku. Występował w różnych stylizacjach na pieczęciach tych instytucji, insygniach władz, dokumentach, papierach firmowych, wizytówkach, na budynkach uczelnianych i szpitalnych. 

Znaki Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum nawiązują stylizacją do systemu identyfikacji Uniwersytetu Jagiellońskiego (opracowanego w 2008 roku). 

Nowy herb UJ CM  opisany jest w Księdze Znaku.

Wszelkie znaki niezgodne z opisanymi w księdze powinny zostać wycofane z użycia i zastąpione przez znak zgodny z wzorem.

Księga Znaku dopuszcza różne układy znaku w połączeniu z nazwą uczelni.

Księga Znaku

   Zarządzenie Prorektora ds. Collegium Medicum w sprawie wprowadzenia Regulaminu udostępniania podmiotom zewnętrznym znaków towarowych UJ CM oraz zgłaszania nowych znaków towarowych UJ CM

   Regulamin udostępniania podmiotom zewnętrznym znaków towarowych UJ CM oraz zgłaszania nowych znaków towarowych UJ CM